המשרד לשירותי דת אמון על ההסדרה של מערך הכשרות באמצעות המועצות הדתיות שפרוסות ברחבי הארץ. הרב המקומי ו/או מי שהוסמך לכך בהיעדרו הם היחידים שמוסמכים לתת תעודת הכשר לעסקים שבתחומה. תעודת הכשרות נחתמת על ידי הרב המקומי, והוא פועל על פי הסמכות המוקנית לו מהרב הראשי וההנחיות ההלכתיות של הרבנות הראשית.

המשרד לשירותי דת רואה לנגד עיניו את האזרח ואת הצורך במערך כשרות מהימן ואמין. גישה זו היא שהנחתה את כתיבת נוהל הכשרות . נוהל הכשרות מעגן את נושא ניגוד העניינים ומתן תעודות כשרות, מסדיר את הליכי קליטת מפקחי ומשגיחי כשרות, חובת דיווח, ניהול תיקי משגיחים ובתי עסק תחת השגחה, עבודה בגופי כשרות פרטיים ועוד. המשרד פועל בעיקר מול המועצות הדתיות ושאיפתו היא לדאוג לכך ששירותי כשרות יהיו טובים ונגישים יותר, אמינים יותר ולמנוע מצבים של ניגוד עניינים בין מפקח הכשרות לבין בעל העסק.