הנהלת המשרד רואה בשמירה על טהרת המשפחה כאחת מאבני הייסוד שעליהן נשען הבית היהודי ופועלת להנגיש ולהשמיש את המקוואות הקיימים בארץ לרווחתן של ציבור הנשים. כחלק מפעילות זו מסייע האגף לפיתוח מבני דת למועצות הדתיות ולרשויות המקומיות בשיפוץ מקוואות קיימים ומקדם את קביעת סטנדרטים אחידים בין המקוואות השונים. אחת לשנה מפרסם האגף לפיתוח מבני דת הודעה לגופים הרלוונטיים בדבר הקריטריונים שנקבעו לבקשת תמיכה בנושא שיפוץ מקוואות לאותה שנה. הגופים המעוניינים לקבל תמיכה מהמשרד מגישים בקשת תמיכה דרך פורטל תמיכות שהגישה אליו אפשרית באמצעות כרטיס חכם. הבקשות שהתקבלו, נבדקות על האגף המקצועי ומועברות לוועדת התמיכות המשרדית ולאחר אישורן יוצאת הודעת אישור למוסדות הרלוונטיים.