בשל מצוקת עתודות הקרקע לקבורה במדינת ישראל, המשרד פועל למציאת פתרונות יעילים לנושא הקבורה בארץ ומקדם את נושא הקבורה הרבודה/רוויה והקמת בתי עלמין אזוריים.  

קבורה רוויה: עד השנים האחרונות, נהגו לקבור במדינת ישראל בקבורת שדה. עם הריבוי הטבעי של אוכלוסיית המדינה ודלדול עתודות הקרקע לקבורה, המשרד נדרש למציאת פתרונות חלופיים בבתי הקברות הקיימים והחדשים. כיום יש מספר אפשריות קבורה רוויה/רבודה על פי ההלכה היהודית אורתודוכסית, וביניהן:

1. קבורת מכפלה: קבורה זו נעשית בעומק הקרקע. החברה קדישא כורה קבר בעומק המוגדר בהלכה. הנפטר הראשון נקבר בתחתית הקבר, הוא יכוסה באבני הגולל ובעפר על פי דרישת ההלכה, ועל גבו ייטמן הנפטר השני.
2. קבורת סנהדרין (קומות): קבורה זו נעשית בתוך אולמות קבורה שנבנו על פי כל כללי ההלכה היהודית. הנפטר מוכנס על ידי מיטה מיוחדת לתוך כוך כדוגמת "קברי הסנהדרין", שנחשפו בירושלים ובמקומות אחרים ברחבי הארץ.
3. קבורת רמה: הקבורה נעשית במבנה רב-קומות, כאשר בכל קומה אפשר להביא את הנפטר לקבורה בקבורת שדה או בקבורה זוגית משפחתית.
4. קבורת על: קבורה זו נעשית כאשר בן משפחה כהגדרתו בחוק קרי: בן זוג, הורה, בן, בת, אח או אחות, מבקש להיקבר מעל נפטר בן משפחתו הקבור בקבר בודד בקבורת שדה. מימוש אפשרות זו נעשית לאחר שנתקבל אישור הנדסי והלכתי לכך.  

המשרד פועל להטמעת אפשרויות הקבורה הרוויה השונות בבתי העלמין ברחבי הארץ על ידי הקצאת כספי תמיכות ייעודיים לנושא וליווי של פרויקטי קבורה רוויה בבתי העלמין תוך התאמתם לצרכי בית העלמין ולאוכלוסיה הצורכת את שירותיו.