האגף לשירותי דת לעדה האתיופית נועד לתת מענה אד הוק לצרכי העדה בתחומים הקשורים לשירותי דת יהודיים ולתיאום בין צרכי בני העדה לשירותים הניתנים על ידי המועצות הדתיות בתחומים הרלוונטיים. בראש האגף עומד הרב הראשי ליהדות אתיופיה אשר מהווה את הסמכות הרוחנית העליונה לקהילה האתיופית בארץ ומחוצה לה. האגף מהווה מרכז מידע לכל הפונים בנושאי מנהגי העדה האתיופית, עומד בקשר רציף עם חברי העדה על מנת לספק פתרונות מקצועיים ויעילים לאתגרים העולים מן השטח ופועל מול גורמים שונים לקביעת מדיניות שיפור תנאי השירות הניתן בנושאי דת הנוגעים לעדה האתיופית. בין פעילויותיו של האגף אישור יהדות ליהודים יוצאי אתיופיה בנושא רישום הנישואין, הסדרת נושאים רגישים מול בתי הדין הרבניים כגון התרת עגונות, טיפול בסוגיית ממזרים, עריכת שלום בית וטיפול בסוגיות גירושין.