אחת לשנה מעביר האפוטרופוס הכללי את כספי העזבונות המיועדים למשרד לשירותי דת לענף העזבונות במשרד. זה מקצה את הכספים על פי קריטריונים קבועים אשר מתפרסמים אחת לשנה. הגופים אשר יכולים ליהנות מתמיכה זו הינם עמותות וגופים מוכרים בלבד, בהתאם לנוהל לקבלת תמיכות מקרן עזבונות של המשרד. גופים אלו רשאים להגיש בקשה לתמיכה לשנת התקציב רק בחודשים ינואר – מרץ של אותה שנה. לאחר סיום מועד קבלת הבקשות, ועדת התמיכות המשרדית דנה בבקשות ומגישה את המלצותיה לחלוקת כספי התמיכה לפרויקטים השונים. ההמלצות מוגשות לועדת העזבונות באפוטרופוס הכללי, ובכפוף לאישורה הכללי מעביר המשרד את הסכומים המאושרים לגופים המבקשים.